Según un estudio publicado en la revista Science y realizado por Linda Perry del Centro Smithsonian del Museo Nacional de Historia Natural de Estados Unidos, el chile no fue usado únicamente en época prehispánica en México y Perú si no también se uso intensamente desde las islas Bahamas hasta el Sur del Perú.

El estudio incluyó a siete regiones del continente Americano y pudo descubrir las evidencias más antiguas del uso del chile como condimento desde hace 6.100 años. Esas evidencias fueron halladas en Ecuador aunque no creen que fuera en ese país donde comenzará su domesticación.

El estudio halló evidencias del uso del Chile Capsicum Annuum (del cual existen variedades tan conocidas como el Jalapeño, Serrano o Piquín) en el Valle de Tehuacan en México datadas hace 6.000 año y en El Salvador hace 1.400 años. El Chile Capsicum Baccatum y Chinese (con variedades como el Habanero) fueron domesticados en Punta Grande y el Valle de Casma en Perú hace unos 4.000 años.

El Chile Capsicum Frutescens (con variedades como el Tabasco) fue cultivado por primera vez en el Caribe y el Chile Pubescens (con variedades como el Manzano) en la región de la Tigra en Venezuela.