La ocupación del Valle de Malinalco se remonta hasta la prehistoria pues se han hallado pinturas rupestres en la zona. Ya en el Periodo Preclásico se comenzaron a establecer los primeros asentamientos en la zona y comienza a surgir la elaboración de cerámica aunque más atrasada técnicamente que la que por esa misma época se realizaba en la Cuenca de México. Durante el Periodo Clásico tiene lugar la ocupación más numerosa durante toda la época prehispánica en el Valle de Malinalco a la vez que comienzan a habitarse las zonas montañosas del Valle. Es en esta época cuando precisamente comienza la ocupación del Cerro de los Ídolos. No queda lugar a duda de que Malinalco recibió una clara influencia de Teotihuacan durante el Periodo Clásico. Posteriormente durante el Periodo Posclásico disminuye notablemente la ocupación del Valle. El Cerro de los Ídolos, que ya se había convertido en el principal lugar para actos rituales del Valle de Malinalco, sigue ejerciendo esa función. Tras la caída de Teotihuacan, el lugar cayó bajo la influencia y el poder de los Matlatzincas.

En su “Memorial Breve” el cronista Chimalpain relata que en el siglo VII, Malinalco estaba sujeta a la alianza establecida entre los reinos de Culhuacan, Otumba y Tula. Las excavaciones arqueológicas efectuadas en la zona demuestran que los primeros edificios existentes en el Cerro de los Ídolos y sobre los que se construyeron los que actualmente se pueden contemplar, pertenecen al año 1476, que sería la última etapa de dominio Matlatzinca antes de su conquista por los ejércitos de la Triple Alianza bajo las ordenes del entonces Huey Tlahtoani Axayacatl.

Según se puede leer en el Códice Aubin, en el año 1501 de nuestra era (9 Calli), el Huey Tlahtoanih Ahuizotl ordenó la construcción del centro ceremonial de Malinalco al gremio de los Tetlepanque (labradores de la piedra) en el Cerro de lo Ídolos. Parece ser que la idea de permanecer una larga temporada en este lugar no les gustó mucho a los agremiados y se negaron a realizar dicho trabajo. Esta huelga inusitada, provocó que Ahuitzotl ordenara la captura y muerte de su cabecilla. En el año 1503 (9 Acatl) fue el Huey Tlahtoanih Motecuhzoma II quien reiteró la orden de construcción del recinto ceremonial de Malinalco. Orden que se reiteró en el año 1515 (10 Acatl). Sin embargo las obras se prolongaron durante algunos años más y en el momento de la conquista de México por las tropas de Hernán Cortés se seguía trabajando en la construcción de edificios aledaños al Cuauhcalli. En el año 1521 de nuestra era, durante el sitio del ejército de Cortes a la ciudad de Mexico-Tenochtitlan, un destacamento de las tropas comandadas por Andrés de Tapia, fueron las encargadas de lograr la rendición de Malinalco, que se había mostrado dispuesta a ayudar a los Mexicas en el asedio que estaban sufriendo la capital del Imperio. El ataque de las tropas de Andrés de Tapia obligó a los gobernantes de Malinalco a refugiarse en el centro religioso del Cerro de los Ídolos.

En el año 1537 una vez ya consumada la conquista de México, se instalaron en Malinalco los misioneros de la orden de los Agustinos, quienes aprovecharon los materiales de los edificios prehispánicos para construir el convento que aún hoy en día es posible visitar en el centro del pueblo de Malinalco.

El significado exacto de la palabra náhuatl Malinalco ha tenido dos interpretaciones. Por una parte la que sugiere que proviene de malinalli que es el nombre que recibe una hierba que se da en estas tierras. La segunda interpretación afirma que la palabra significa lugar de la Malinalxóchitl. La Tira de la Peregrinación cuenta que uno de los lugares por los cuales pasaron los Mexicas en su peregrinación desde Aztlan a su tierra prometida fue Malinalco. En ese lugar, según cuentan las crónicas posconquista, Huitzilopochtli ordenó a sus seguidores que abandonaran a su hermana Malinalxochitl y a los seguidores de esta. Al parecer Malinalxochitl era una mujer muy hermosa que poseía poderes mágicos que usaba para atacar a sus enemigos. Pero Huitzilopochtli no estaba conforme con dicha táctica para vencer a los enemigos, ya que creía que se debía vencer con la fuerza y no con la magia. Por ese motivo ordenó que abandonaran allí a su hermana.

Sabemos no obstante, como ya hemos comentado, que los Mexicas ejercieron su poder en este lugar en una época muy tardía (año 1476 de nuestra era), por lo cual, lo más lógico es pensar, que la hipótesis más pausible es que el nombre provenga de la hierba que se da en este lugar y que posteriormente se adaptara la leyenda de la peregrinación para justificar su ocupación.